אחת הסיבות העיקריות אשר בגינן מקבלים השכירים החזרי מס היא שינויים שהיו במשכורת במהלך השנה.
מאחר וחישוב מס הכנסה הוא לפי סך ההכנסות השנתיות של העובד הרי שהפסקת עבודה לפני תום השנה או שינוי במשכורת במהלך השנה יכול ליצור מצב בו שילם העובד מס עודף ולכן מגיע לו החזר מס.
המעביד מנכה מס במקור מתוך הנחה שמשכורתו של העובד תהיה זהה במהלך חודשי השנה ולכן אחוז המס אותו עליו לשלם יהיה אחיד לאורך כל השנה אך במקרים בהם היו שינויים במשכורת במהלך השנה יגיע לעובד החזר מס.

חשוב לציין כי ישנם מקרים בהם יתכן היווצרות של חוב למס הכנסה, לכן חשוב להעזר באנשי מקצוע המתמחים בהחזרי מס לשכירים אשר יוודאו כי כדאי להגיש בקשה לקבלת החזרי מס, על מנת שלא להגיע למצב בו סברנו שנקבל החזר ובסופו של דבר אנו נדרשים לשלם מס נוסף, הבדיקה המקיפה ביותר נעשית לאורך שש שנים אחורה, זו התקופה בגינה ניתן לבקש החזר מס, כאשר כל שנה נבדקת בנפרד.